Mit Autonomie ist gemeint, dass Selbsthilfegruppen und Selbsthilfevereinigungen ihre Selbstbestimmung wahren und Interessenkonflikte vermeiden. Sie sind allein den Interessen ihrer Mitglieder verpflichtet.

Zentral hierbei ist die finanzielle Unabhängigkeit. Um ihre Autonomie zu wahren, nehmen Selbsthilfegruppen keine Gelder von Wirtschaftsunternehmen an, beispielsweise von Arzneimittelherstellern und Hilfsmittelherstellern.